Muzeu arkeologjik i Apolonisë është i ndërtuar brenda arealit arkeologjik të Apolonisë. Muzeu u hap në vitin 1958 në gjysmëhark rreth kishës së Shën Mërisë.Ende sot jane disa statuja ne kete zone. Muzeu u rikonstruktuar disa herë dhe mori një formë përfundimtare në vitin 1985. Në vitin 1996 iu shtua edhe godina për kërkimet e studimet arkeologjike.